结构层设计非常重要。目前，许多屋顶设计采用“雨衣”防水设计，即在防水层和结构层之间设置吸水隔热层(如岩棉和珍珠岩)，并设置轻质高吸水造坡层(如矿渣混凝土和陶粒混凝土)。一旦防水层有单独的损坏点，这些结构层将吸收大量的水和沟水，使整个防水层无效。如果结构开裂，就会导致渗漏，难以修复。这种现象在屋顶和地下室很常见。 　　防水材料的设计也应根据具体工程进行选择，如混凝土结构屋面的沥青基防水卷材和钢结构厂房的聚合物(TPO、聚氯乙烯)防水卷材。如果在本工程设计中不考虑本工程的实际情况，屋面防水材料主要采用聚合物防水卷材，设备支撑较多。聚合物防水膜很难与基层粘合，并且很容易不粘附。一旦节点细节处理不当，很可能导致防水层整体失效。 　　为了保证聚氨酯防水涂料的防水效果，聚氨酯防水涂料必须轻刷几次。每层涂料的施工间隔时间约为4-12小时，防水卷材只有在聚氨酯防水涂料固化成膜后才能施工，延长了施工时间。如果聚氨酯防水涂料还没有固化成膜，当防水卷材施工时，聚氨酯防水涂料的一些组分会对沥青基防水卷材产生不利影响。